В 2005-2006 годах у Арнольда появляются расхождения во взглядах с действующим президентом Джорджем Бушем, невзирая на абсолютную поддержку, которую оказал Буш во время предвыборной кампании в борьбе за пост губернатора Калифорнии.
Шварценеггер избегает встречи с президентом США в 2005 году, ссылаясь на нехватку времени.
В 2006 году он не согласился предоставить 1500 солдат Национальной гвардии по запросу Буша, сказав, что это было бы неправильно, так как помешало бы их тренировкам. Этих гвардейцев собирались использовать в качестве укрепления охраны границы между США и Мексикой в штатах Аризона и Нью-Мексико.
В этом же году между Шварценегерром и президентом появляется новый конфликт, который на сей раз связан с Киотским протоколом. Губернатор Калифорнии, несмотря на отклонение Джорджа Буша от принятия соглашения, выражает несогласие с подобным решением властей. И Калифорния стала первым штатом США, который подписал Киотский протокол. В результате 31 августа 2006 года между Сенатом Калифорнии и губернатором был заключен договор об уменьшении количества выбросов, образовывающих парниковый эффект, по которым штат занимает 12-е место в мире, на 25 % к 2020 году. Позже к соглашению приобщились еще 9 штатов и 740 городов.
Вместе с тем в июле 2006 года Шварценеггер выделяет 150 млн. долларов на научные изыскания в сфере стволовых клеток, причем это происходит на другой день после отказа президента от законопроекта о повышении финансирования именно этих исследований.
Губернатор Калифорнии негативно относится и к войне в Ираке, несмотря на то, что в начале он ее одобрял (например, в июле 2003 года нанес визит на военную базу американцев в Ираке). В январе 2007 года он заявляет, что к концу текущего года из Ирака необходимо вывести все американские войска.
В апреле 2005 года Арнольд Шварценеггер объявил 24 апреля днем памяти, признавая геноцид армян, вопреки стараниям Буша избежать этого из опасения ухудшений отношений с Турцией. После этого делегатами Турции был начат сбор подписей против фильмов с участием Шварценеггера, и выставлены обвинения в том, что он шел на поводу у армянских лобби.
